金融機関経由保証とは、中小企業が金融機関から融資を受ける場合に、その金融機関の依頼で信用保証協会が保証を担うこと。
中小企業が銀行などに融資を受ける場合、信用力を補うために信用保証協会の保証を受けることを条件とする場合が多い。無保証でも融資を受けられることがあるが、金利が通常よりも高くなることがあるため、金利に関しての確認が推奨される。
信用保証協会からの保証を受ける場合、融資を受ける側は保証料を信用保証協会へ「信用保証料」を支払うことになる。
なお保証を受けるための申し込みは金融機関経由の金融機関経由保証のほか、信用保証協会に直接申し込むこともできる。ただし大半は金融機関経由での申し込みとなる。