金融検査マニュアルとは、金融機関の検査の際に使われるマニュアルのこと。正式名称は「預金等受入金融機関に係わる検査マニュアル」で、金融庁によって1999年7月に確立された。 発行当初は、対象が銀行のみとなっていたが、後に他の金融機関や証券会社のマニュアルも作成された。
マニュアルの内容としては金融機関に対する厳格な資産査定のための手引きが書かれている。また金融機関は、この金融検査マニュアルをもとに、それぞれでより詳細なマニュアルや規定の作成をすることが推奨されている。
またリスク管理や企業倫理などに関することも書かれている。検査官はこのマニュアルをもとに金融機関を検査する。