信用保証料とは、信用保証協会からの保証を受けて融資を受ける中小企業が、信用保証協会に対して支払う所定の保証料のこと。
制度を利用する中小企業から支払われた信用保証料は、信用保証協会の適正な制度運営のための資金として充てられる（協会の業務費、代位弁済による損失など）。
信用保証料の支払いは金融機関を通して行われる。なお、信用保証制度の利用には、この保証料以外の利用料はかからない。
信用保証料の金額は、融資を受ける中小企業の財務状況などから、複数の料率区分（9段階）から選ばれ適用される。