電子債権記録機関とは、電子債権の記録や管理業務を行う機関。2008年に施行された電子記録債権法により新たに作られた、「電子債権」の情報をコンピュータ上で管理する役割を持つ。電子記録債権による資金調達の中心的存在。
電子債権記録機関に認可された会社は、公平性や中立性の確保という目的のため、兼業は禁止されている。
電子債権が管理するデータとしては、債権者氏名、債務者氏名、支払金額、支払期日などがある。
2009年6月、初の電子債権記録機関として、「日本電子債権機構（JEMCO）」が認可された。