清算機関とは、おもに株式のマーケットの売買取引において、決済処理を行う機関のこと。「クリアリング機構」とも呼ばれる。日本の清算機関としては、2003年に設立された「株式会社日本国債清算機関」がある。欧米では、国債取引のインフラとして定着している。決済代金の受払い債務の引き受け、決済指図、決済保証、差額決済（ネッティング）などの機能をもつ。
マーケット参加者の中心的存在で、複数の取引の清算を集約させ、支払額・受取額の調整・決済の履行を行う。
金融商品市場での売買成立～決済までの流れにおいては、売買と決済の中間に位置している。